Ich hatte mich mal ein wenig mit der Materie beschäftigt. Audio-Dateien mit einem Wasserzeichen zu versehen, das man später wieder erkennen kann, ist kein größeres Problem. Bei einem Sampleset, dass ja aus vielen Samples besteht, wird das Ganze aber schnell schwierig. Grund: Um das Zeichen auszulesen, muss die entsprechende Datei über mehrere Sekunden lang abgespielt werden, und es dürfen natürlich nicht mehrere Dateien mit Wasserzeichen gleichzeitig klingen. Außerdem sollte die Datei im Gesamtsignal möglichst prominent sein. Das macht die Anwendung in der Praxis dann schon recht schwierig. Man könnte vielleicht z.B. die untere Oktave des 16' Prinzipal im Pedal mit Wasserzeichen versehen und hoffen, dass man zum Analysieren ein Musikstück bekommt, in dem ein ausreichend langer Pedalton gespielt wird.
Kurz und gut: Mit den derzeit verfügbaren Techniken ist es einfach möglich, Wasserzeichen in Einzelsamples unterzubringen und diese auch zu erkennen, wenn dann das einzelne Sample lange genug erklingt (aber Achtung: Man muss irgendwie sicherstellen, dass innerhalb des Wasserzeichenbereichs keine Looppunkte liegen!). Es ist jedoch nach meiner Erkenntnis praktisch unmöglich, Wasserzeichen so unterzubringen, dass man diese z.B. in einem Musikstück auf Contrebombarde wiedererkennt.
