Beim Spielen von Samples mit Kopfhörern fehlt jeglicher Körperschall. Dieser ist jedoch ein wesentlicher Bestandteil des Orgelklangs, der ja auch die numinose Erschütterung des Menschseins gegenüber etwas Größerem erlebbar machen soll.
Es ist unnatürlich, beim Bewegen der Kopfes immer die gleiche Perspektive zu haben.
Ein hohes Risiko für Hörschäden ist ein weiterer wichtiger Grund, keine Kopfhörer zu verwenden. Dies haben Untersuchungen z.B. der Erasmus-Universität Rotterdam, der Universität Leuven und vielen anderen gezeigt. Eine große Lautstärke, die in der Nähe des Ohrs gehört wird, verursacht bleibende Hörschäden,
aber eine geringere Lautstärke, die über einen längeren Zeitraum gehört wird, hat den gleichen Effekt.
Samples enthalten die lauten, obertonreichen Klänge der Orgel in der Kirche, daher führt das Hören mit Kopfhörern laut diesen Untersuchungen immer zu Gehörschäden. Für einen Organisten ist sein Gehör lebenswichtig und es ist auf Dauer unklug, Kopfhörer zu verwenden. Hörschäden können in Form einer schlechten Wahrnehmung bestimmter Tonbereiche auftreten, Tinnitus (Klingeln in den Ohren) tritt bei Musikern mit der Zeit ebenfalls auf.
In allen Fällen können Hörschäden nicht geheilt werden.